Με 11 από τις 16 ομάδες της Super League θα συνεχιστεί η φάση των «16» του Κυπέλλου Ελλάδας. Η Λάρισα, η Βέροια, η Κέρκυρα, ο Ηρακλής και ο Πανιώνιος ήταν τα «θύματα» των εκπλήξεων της διοργάνωσης, με τους Άρη, Τρίκαλα, Λαμία, ΟΦΗ και Κισσαμικό, να προκρίνονται στη θέση τους και θα είναι οι εκπρόσωποι της Football League στη συνέχεια.
Αναλυτικά ανά όμιλο προκρίθηκαν:
Από τον 1ο όμιλο ο ΠΑΟΚ και τα Τρίκαλα (αποκλείστηκαν η Λάρισα και ο Πανελευσινιακός).
Από τον 2ο όμιλο ο Ολυμπιακός και ο Πλατανιάς.(αποκλείστηκαν η Σπάρτη και τα Χανιά)
Από τον 3ο όμιλο ο ΟΦΗ και ο Παναθηναϊκός (αποκλείστηκαν ο Ηρακλής και ο Απόλλων).
Από τον 4ο όμιλο ο ΠΑΣ Γιάννινα και η Ξάνθη. (αποκλείστηκαν Αγροτικός Αστέρας και Καλλονή)
Από τον 5ο όμιλο ο Αστέρας Τρόπολης και ο Άρης (αποκλείστηκαν η Βέροια και ο Αιγινιακός).
Από τον 6ο όμιλο η ΑΕΚ και η Λαμία (αποκλείστηκαν η Κέρκυρα και η Αναγέννηση Καρδίτσας).
Από τον 7ο όμιλο ο Παναιτωλικός και ο Ατρόμητος.(αποκλείστηκαν Πανθρακικός και η Καλλιθέα)
Από τον 8ο όμιλο ο Κισσαμικός και ο Λεβαδειακός (αποκλείστηκε ο Πανιώνιος και ο Πανσερραϊκός).
