Στους «16» του Κυπέλλου προκρίθηκε η ΑΕΛ, η Αναγέννηση Καρδίτσας , ο Λεβαδειακός, ο Άγιος Νικόλαος, ο Ιωνικός Νικαίας, ο Βόλος, ο Παναθηναϊκός και η Λαμία, όπου θα «μπουν» στη διοργάνωση και οι σύλλογοι που κατέλαβαν τις τέσσερις πρώτες θέσεις του περυσινού πρωταθλήματος (2020/21), δηλαδή οι Ολυμπιακός, ΠΑΟΚ, ΑΕΚ και Άρης.
Στο Αλκαζάρ η ΑΕΛ κατέβαλε την αντίσταση του ΠΑΣ με 3-1 στα πέναλτι (1-1 κανονική διάρκεια και παράταση), στην Καρδίτσα η Αναγέννηση επίσης ήταν πιο ψύχραιμη από την Καλλιθέα από την άσπρη βούλα (5-4, 0-0 η κανονική διάρκεια και η παράταση), ενώ στη Λιβαδειά η τοπική ομάδα κέρδισε με κεφαλιά -buzzer beatrer του Γιώργου Νίκα στο 96' τον Αστέρα Τρίπολης (1-0).
Την πρόκριση στην επόμενη φάση του Κυπέλλου Ελλάδας πανηγύρισε ο Άγιος Νικόλαος καθώς επικράτησε εκτός έδρας της ΑΕ Λευκίμμης με 2-1. Ο Φουκαράκης στο 25' έδωσε το προβάδισμα στους φιλοξενούμενους, αλλά οι γηπεδούχοι ισοφάρισαν εννέα λεπτά μετά με τον Κωστακιώτη. Το τελικό αποτέλεσμα διαμόρφωσε ο Μαυρής στο 76ο λεπτό.
Στην Ξάνθη ο Ιωνικός αν και έμεινε πίσω στο σκορ κατάφερε στη συνέχεια να γυρίσει το παιχνίδι και να πάρει τη νίκη με 2-1. Η Λαμία είχε εύκολο έργο απέναντι στην Ηλιούπολη αφού την νίκησε με 3-0. Με σκορ 3-1 ο Βόλος απέκλεισε τον Πανσερραϊκό, ενώ με 1-0 ο Παναθηναϊκός ξεπέρασε το εμπόδιο του Ατρόμητου.
Αναλυτικά τα αποτελέσματα της πέμπτης φάσης του κυπέλλου:
Τρίτη (26/10)
Λεβαδειακός - Αστέρας Τρίπολης 1-0
Αναγέννηση Καρδίτσας - Καλλιθέα 0-0 (5-4 πέναλτι)
ΑΕΛ - ΠΑΣ Γιάννινα 1-1 (3-1 πέναλτι)
Τετάρτη (27/10)
ΑΕ Λευκίμμης - Άγιος Νικόλαος 1-2
Ηλιούπολη - Λαμία 0-3
Ξάνθη - Ιωνικός 1-2
Πανσερραϊκός - Βόλος 1-3
Ατρόμητος-Παναθηναϊκός 0-1
21.30: Παναχαϊκή-Παναιτωλικός
Πέμπτη (28/10)
15.00: ΠΑΣ Αχέρων Καναλακίου-ΟΦΗ
17.15: Τρίκαλα-Νίκη Βόλου
Τετάρτη 3 Νοεμβρίου
15:00 Κηφισιά-Απόλλων Σμύρνης