Αναστάτωση και οργή προκάλεσαν στον Ποντιακό ελληνισμό τα όσα είπε ο υπουργός Παιδείας, Νίκος Φίλης για την Γενοκτονία των Ποντίων που κατά την άποψή του δεν είναι γενοκτονία αλλά εθνοκάθαρση. Ο Πρόεδρος της Παμποντιακής Ομοσπονδίας Ελλάδας, κ. Χρήστος Τοπαλίδης, δήλωσε μεταξύ άλλων στο newsit.gr ότι «αντίστοιχη επιχειρηματολογία με του κ. Φίλη για το θέμα της γενοκτονίας συναντούμε δυστυχώς μόνο στους γκρίζους λύκους».
Ο υφυπουργός Εξωτερικών, Γιάννης Αμανατίδης ήταν εκείνος που απάντησε εκ μέρους της κυβέρνησης στα όσα είπε ο συνάδελφός του Νίκος Φίλης για την Γενοκτονία των Ποντίων. Ο κ. Αμανατίδης με δήλωσή του επι της ουσίας "αδειάζει" τον υπουργό Παιδείας. Μεταξύ άλλων στην ανακοίνωσή του αναφέρει ότι «οι επιστημονικές προσεγγίσεις μπορούν να εκφράζονται ελεύθερα σε μια δημοκρατία. Η θέση της κυβέρνησης είναι γνωστή και δημόσια εκφρασμένη τόσο με δήλωση του πρώην κυβερνητικού εκπροσώπου (Γαβριήλ Σακελλαρίδη) από τον Μάϊο του 2015, όσο και από τους χαιρετισμούς στις αντίστοιχες ημέρες της Γενοκτονίας.
Και ο υπουργός Εσωτερικών, Παναγιώτης Κουρουμπλής είπε ότι διαφωνεί με τον υπουργό Παιδείας και ότι τα όσα είπε είναι προσωπική του άποψη.
Αντιδράσεις όμως υπήρξαν και από το εσωτερικό του ΣΥΡΙΖΑ αλλά και στους ΑΝΕΛ. Ο βουλευτής Ηρακλείου, Γιάννης Μιχελογιαννάκης δήλωσε:
«Εθνοκάθαρση είναι βίαιος εκτοπισμός και εκδίωξη εθνικών ομάδων από μια περιοχή είτε αιματηρός, είτε μέσω καταστροφής πολιτιστικών και θρησκευτικών στοιχείων με σκοπό την δημιουργία εθνικά ομοιογενών γεωγραφικών περιοχών. Δηλαδή γίνεται για γεωπολιτικούς λόγους. Γενοκτονία είναι εξόντωση φυλής, η έθνους συστηματικά, προσχεδιασμένα και ολοκληρωτικά. Οι πόντιοι εξοντώθηκαν λόγω του γένους τους. Αξίζουν τον όρο γενοκτονία, γιατί γενοκτονία είναι έγκλημα ποινικού δικαίου, ενώ η εθνοκάθαρση στην ουσία είναι περιγραφή εγκλημάτων και δεν έχει ρητή ολοκληρωτική και ρητή νομική αναγνώριση, μόνο επιμέρους στοιχείων αυτής».
Η εκπρόσωπος Τύπου των ΑΝΕΛ, Μαρίνα Χρυσοβελώνη δήλωσε: «Αναφορικά με τη δημόσια τοποθέτηση του Υπουργού Παιδείας κ. Ν. Φίλη σχετικά με τη γενοκτονία των Ποντίων, δηλώνουμε ότι οι ΑΝΕΞΑΡΤΗΤΟΙ ΕΛΛΗΝΕΣ δεν υιοθετούμε τις δηλώσεις του υπουργού. Θεωρούμε ότι δεν έχουμε δικαίωμα να εκμηδενίσουμε τον σχεδιασμένο τραγικό ξεριζωμό χιλιάδων ανθρώπων οι οποίοι θυσιάστηκαν με βίαιο τρόπο. Η ιστορία του Πόντου ήταν και θα παραμείνει αδιαμφισβήτητα αληθινή».
Με μια σκληρή ανακοίνωση σχολίασε το ΠΑΣΟΚ την δήλωση του Νίκου Φίλη: «Η Βουλή των Ελλήνων προέβη το 1994 στη θεσμική αναγνώριση της γενοκτονίας των Ποντίων με τον ν. 2193/1994 με την καθιέρωση ημέρας μνήμης της γενοκτονίας των Ελλήνων του Πόντου. Τέσσερα χρόνια αργότερα, με το ν. 2645/1998 καθιέρωσε την 14η Σεπτεμβρίου ως ημέρα εθνικής μνήμης της γενοκτονίας των Ελλήνων της Μικράς Ασίας, μιας μεγάλης προσπάθειας του ΠΑΣΟΚ που ξεκίνησε το 1991 με πρωτοβουλία του Ανδρέα Παπανδρέου. Ο στόχος, που τέθηκε αρχικά, ήταν η επίσημη αναγνώριση από τη Βουλή των Ελλήνων, της γενοκτονίας των 353.000 Ποντίων, που έγινε από τους Τούρκους από το 1916 ως το 1923 και η καθιέρωση για «ημέρα εθνικής μνήμης», ώστε να καλυφθεί ένα μεγάλο εθνικό, ιστορικό, ηθικό και πολιτικό κενό αναφορικά με τη συστηματική γενοκτονία του Ελληνισμού του Πόντου, που είχε αρχίσει από το 1916 και τελείωσε το 1923.
Η δήλωση του κ. Φίλη με την οποία δεν αναγνωρίζει τη γενοκτονία των Ποντίων αποτελεί πρόκληση και είναι ανιστόρητη για έναν υπουργό Παιδείας, για την Κυβέρνηση που απαξιώνει σιωπηρά την απόφαση της Βουλής των Ελλήνων και βεβαίως, για τον Πρωθυπουργό που τον τίμησε με αυτή τη θέση! Καλούμε τον Πρωθυπουργό να αναλάβει προσωπικά να ξεκαθαρίσει τη θέση της Κυβέρνησης!»